Des trois auges glaciaires qui rayonnent autour du Sancy, celle de la Fontaine Salée est la seule qui est située sur le flanc sud du massif. Cette position méridionale ainsi qu’un relief très aéré par l’érosion glaciaire lui valent un excellent ensoleillement.

L’empreinte des glaciers y est bien visible, de puis le cirque terminal dominé par un amphithéâtre de puys dépassant tous les 1700 mètres jusqu’au large fond plat parsemé de gros blocs erratiques, abandonnés là par les glaces. Elle est aujourd’hui protégée en tant que zone naturelle d’intérêt écologique, faunistique et floristique.

La vallée proprement dite, entre 1200 et 1400 mètres d’altitude, était initialement couverte par la hêtraie. Défrichée et vouée au pâturage d’été sans doute dès le Moyen Âge, elle déroule d’immenses herbages ponctués de bouquets de saules. Le lent écoulement des eaux sur un fond peu pentu favorise le développement des tourbières de part et d’autres des ruisseaux.

La vallée de la Fontaine Salée doit son nom aux très nombreuses sources (fons en latin) qui jaillissent des flancs du cirque glaciaire. Une telle abondance est caractéristique du massif du Sancy, où les conditions géologiques sont favorables à la multiplication des nappes souterraines.

Ces eaux de source sont souvent riches en éléments minéraux dissous, prélevés dans la roche encaissante. C’est pourquoi la langue populaire les a qualifiées de « salées ».